Mittavasta rahoituksesta huolimatta vesistöjen ja merialueiden hyvää tilaa ei ole rehevöitymisen osalta saavutettu. Myöskään maatalouden ravinnekuormitus ei ole merkittävästi vähentynyt viimeisten 30 vuoden aikana.
Valtiontalouden tarkastusvirasto (VTV) on selvittänyt, onko valtionhallinto luonut vesien- ja merenhoidon suunnittelulla hyvät edellytykset maatalouden ravinnekuormituksen vähentämiselle ja ovatko olennaiset rahoitusohjelmat olleet siltä osin tuloksellisia.
Esimerkiksi olennaiset maatalouden ympäristökorvaustoimenpiteet eivät ole viimeisten kymmenen vuoden aikana kohdentuneet vesienhoidollisesti tehokkaasti. Peltolohkokohtaisen tiedon puute haittaa edelleen ympäristökorvaustoimenpiteiden kohdentamista sinne, missä käytetyllä rahalla saataisiin suurin vesienhoidollinen hyöty.
Tarkastuksen mukaan ympäristöministeriö ja maa- ja metsätalousministeriö eivät ole tuottaneet kattavaa ja järjestelmällistä seurantatietoa vesien- ja merenhoidon ja siihen liittyvien rahoitusohjelmien tuloksellisuudesta.
VTT:n mukaan kustannusvaikuttavimpia toimenpiteitä olisivat esimerkiksi ne, jotka vähentävät turhaa lannoitusta, ehkäisevät tehokkaimmin ravinteiden kulkeutumista pelloilta vesistöihin sekä edistävät lantaravinteiden siirtämistä ylijäämäalueilta tarvealueille taloudellisesti ja ympäristöllisesti kestävästi.